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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已出现出很广的动物活性酶类，还有抗恶性肿瘤和身体毒用处。经常，三萜是根据甲羟戊酸途经聚合的，并从先天绿植的和病菌中抽取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上撤稿了发表文章“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探讨本文。该探讨会发现三萜类单质野生野生灵芝酸（GA）是实现溶剂锻炼的无柄野生野生灵芝菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物导出所产生了的。采用转录组和核球蛋白组学高方法进第一步挑战无柄野生野生灵芝菌丝体中DHT所产生了二者野生野生灵芝酸（GA）的规则，并要根据多个学高方法检验到的区别表观遗传和区别核球蛋白，预测未来DHT 菌物分解成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录多组分析和实用功能的分类

经由对无柄虫草真菌孢子菌丝体参与转录组测序共能够67230个转录本和14294个单人类DNA。在许多单人类DNA中，493个被监定为距离理解方法人类DNA（DEGs），至少213个理解方法上浮，279个理解方法下跌（图1A）。GO聚集剖析后，DEGs涵盖生物学方式中（BP）、神经生殖细胞组分（CC）和氧分子功能性（MF）3类。在BP品目中，展现了前三子品目：抗菌素讲解分解率方式中，乙酸盐分解率方式中和甲酸盐分解率方式中 ;而在CC品目中，神经生殖细胞外区、突触结合体、突触架构是前三亚类。对于那些MF品目，甲酸脱氢酶（NAD）特异性酶、阳极氧化重置酶特异性酶和酸氨（或酰胺）无线连接酶特异性酶是前三亚品目（图1B）。在DEGs的KEGG通道剖析中，前30条聚集度很高的通道中含27条属分解率，至少丁烷分解率、乙醛酸盐和二羧酸盐分解率、丙酸盐分解率数字信号通道显著性聚集（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和技能类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

利用对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体对其通过球核高淀粉酶含量组学介绍，共有明确了16,457种特殊肽、2606种球核高淀粉酶含量和2588种按量球核高淀粉酶含量。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的淘汰的条件下，在这一2606种球核高淀粉酶含量中，94种被亲子鉴定为区别传达球核淀粉酶（DEPs），这当中52种上涨，42种上涨（图2A），图2C展现了区别传达球核淀粉酶的聚类概述介绍热图。从GO介绍你看，BP类目展现，一般数DEPs参加冰醋酸盐血細胞分泌转化流程、抗菌药拆解血細胞分泌转化流程和口服药拆解血細胞分泌转化流程。CC类DEPs在血細胞外区、过防化合物酶体和微体中占有率最多，防被氧化恢复酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的比率最多（图2B）。与转录组效果是类似的，KEGG环路介绍展现，大多DEPs在血細胞分泌转化中生态学学含有，这当中3条最生态学学含有的经由是光合生态学学中的碳加固、碳血細胞分泌转化和MAPK网络信号环路（图2D）。凡此种种，利用介绍GO数据显示库的CC对DEPs对其通过亚血細胞确定介绍和注解（图2E），DEPs最主要的地理分布在血細胞质（40.66%）、血細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），概念上是GAs生态学学生成的最主要的地方。

图2|血清质组的降钙素原检测深入分析和性能证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物有效的转化和比对组备选DEGs和DEPs制作方法了维恩图，有20个文化差异表述表观遗传（图3A）。对转录组和球营养素组中E组和C组有的DEGs/DEPs采取聚类概述法概述，发现mRNA和球营养素范围内有1几个调涨表观遗传和几个降低表观遗传，DEGs和她的英译的DEPs表述标准呈正相应联，鉴于Pearson的相应联数值概述，在转录组和球营养素组范围内探测到相对来说较高的相应联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检查数据表示，E组和C组14个DEGs的表明横向地域差异重要，这当中9个为调整DEGs，4个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表明发展趋势与转录类物质析数据不同。

图3|血清质组的一定量具体分析和基本功能安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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